合金彈頭3是一款橫板射擊過(guò)關(guān)游戲，游戲方式仍然繼承自之前的合金彈頭系列作品，但首次出現(xiàn)了分支路線的設(shè)定：除去最后一關(guān)，前四關(guān)均可以有多種不同路線可供選擇，每條路線的場(chǎng)景和敵人均不同，但最后面對(duì)的BOSS是一樣的。游戲共有五關(guān)，但最后一關(guān)路線特別長(zhǎng)，因此總體流程長(zhǎng)度依然和之前幾代相差無(wú)幾。