《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士》游戲以動(dòng)畫的17～24話與劇場(chǎng)版“Air真心為你”為基礎(chǔ)。主角不是玩家熟悉的原作角色，而是隸屬于NERV諜報(bào)部的探員劍崎恭也。故事從主角秘密運(yùn)送EVA四號(hào)機(jī)到了NERV本部開始，面對(duì)恐怖份子的攻擊、NERV內(nèi)部暗藏的陰謀等，透過(guò)調(diào)查各個(gè)事件，逐漸解開原作中留下的種種謎團(tuán)。玩家扮演的主角劍崎，在與美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下，也逐漸產(chǎn)生了疑問……

三大主線厘清EVA所有謎團(tuán)

《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士》隨著游戲進(jìn)行，主線會(huì)發(fā)展出三個(gè)故事：“基本路線”與TV與劇場(chǎng)版故事相同，玩家可以透過(guò)主角劍崎的觀點(diǎn)，經(jīng)由與EVA駕駛者與NERV其它成員的互動(dòng)中，再次體驗(yàn)新世紀(jì)福音戰(zhàn)士的世界觀。在“主角路線”中，與美里、律子和加持曾為同窗的劍崎，發(fā)現(xiàn)自己也帶有使徒的遺傳因子，為此而苦惱著，并重新思考了自己的方向?！巴肪€”則是透過(guò)游戲里另一位新登場(chǎng)的原創(chuàng)角色，參與Dummy System和Dummy Plug開發(fā)的科學(xué)家加賀瞳的觀點(diǎn)，在看到初號(hào)機(jī)與第14使徒的作戰(zhàn)后，感受到的恐怖與威脅感。

龐大劇情架構(gòu)+EVA知識(shí)補(bǔ)完

游戲分章節(jié)進(jìn)行，三個(gè)故事共有37話。每個(gè)章節(jié)的一開始玩家將會(huì)獲得一定數(shù)量的行動(dòng)點(diǎn)數(shù)，無(wú)論是進(jìn)行主線或支線劇情，都會(huì)消耗一點(diǎn)行動(dòng)點(diǎn)數(shù)，如果行動(dòng)點(diǎn)數(shù)消耗完畢，卻無(wú)法完成該章節(jié)的主線劇情，游戲即宣告結(jié)束。游戲進(jìn)行的過(guò)程中，主角可以提升與真嗣、零和明日香的關(guān)系，這也會(huì)觸發(fā)不同的結(jié)局。

PC版的《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士》還加入了EVA問答游戲，共有三個(gè)難度等級(jí)，150題與EVA有關(guān)的問題。由明日香或零在各難度的題目中各抽出10題，通過(guò)3個(gè)等級(jí)后，就有機(jī)會(huì)得到精美的CG做為獎(jiǎng)勵(lì)。自認(rèn)是EVA死忠粉絲的玩家，可以試試看自己對(duì)福音戰(zhàn)士的了解成度。

劇情發(fā)展到一定程度后，玩家有機(jī)會(huì)看見以3DCG繪制，動(dòng)畫中消失的四號(hào)機(jī)出現(xiàn)，與初號(hào)機(jī)展開的精彩對(duì)決。而隱藏在NERV內(nèi)的陰謀與人類補(bǔ)完計(jì)劃所留下的種種謎團(tuán)，在《機(jī)密檔案》中，也會(huì)隨著玩家的推理，逐步解開。在三部全新劇場(chǎng)版陸續(xù)推出前，《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士》即將補(bǔ)完EVA遺漏的篇章，一切真相都將得到答案。