《口袋妖怪紫水晶》是神奇寶貝系列游戲的第七個(gè)作品，它是一年前金銀的重制版。它的冒險(xiǎn)地區(qū)與前作的金銀版相同，是城都地區(qū)，并且在通關(guān)后可以前往關(guān)東地區(qū)冒險(xiǎn)。
主人公在城都地區(qū)的若葉鎮(zhèn)開始自己的旅行。首先要在空木博士處領(lǐng)取一只初學(xué)者神奇寶貝。此時(shí)主人公有三個(gè)選擇：炎系的火球鼠，水系的小鋸鱷，草系的菊草葉。之后，玩家就可以開始旅行了。在旅行的途中，需要從坐落于各地的道館收集八個(gè)徽章來獲得挑戰(zhàn)神奇寶貝聯(lián)盟的資格，還需要與路上各式各樣的訓(xùn)練家和野生神奇寶貝對(duì)戰(zhàn)，并且收服想要的野生神奇寶貝，組成自己的對(duì)戰(zhàn)隊(duì)伍。主人公也需要與邪惡組織火箭隊(duì)對(duì)抗，阻止他們復(fù)活的妄想。主人公還可能在游戲中遇見傳說中的神奇寶貝，如水君，炎帝與雷公。運(yùn)氣好的話還可以遇見鳳王與洛奇亞，這些游戲要素都需要自己去發(fā)掘。
火箭隊(duì)以新面貌再度出現(xiàn)，雖然他們的首領(lǐng)坂木已經(jīng)不在了。他們?cè)诒咀髦械氖滓顒?dòng)地區(qū)為城都地方。主人公將在檜皮市首次對(duì)抗火箭隊(duì)，阻止他們切下呆呆獸的尾巴拿去出售。隨著劇情的發(fā)展，火箭隊(duì)的陰謀一點(diǎn)一點(diǎn)顯現(xiàn)出來。主人公需要搗毀他們?cè)诳?zhèn)的地下基地，從他們手中奪回被占領(lǐng)的滿金廣播電塔……
在冒險(xiǎn)中，主人公還會(huì)碰見從燒焦塔蘇醒的一只傳說中的神奇寶貝，水君。在這個(gè)版本中還有一個(gè)新人物，米那君，夢(mèng)想著能收服水君。
在稱霸神奇寶貝聯(lián)盟之后，主人公可以通過搭乘淺蔥市的阿哥號(hào)來到關(guān)都地方，在這片與城都地方連接在一起的地方再度展開新的冒險(xiǎn)。同樣，這里也有各式各樣的訓(xùn)練家、野生神奇寶貝以及道館在等待著主人公。集齊十六個(gè)徽章之后，主人公將向著城都與關(guān)都的分界線處的白銀山前進(jìn)。在那里，小赤正在靜靜地等待著主人公。
前去擊敗他吧，你將創(chuàng)造新的傳說。
設(shè)計(jì)變化
桔梗市西邊新增了一片草地，并且在這里可以捕獲卡蒂狗。這就使得沒有選擇炎系初學(xué)者神奇寶貝（在這個(gè)版本中是火球鼠）的玩家能夠比其他版本中更早地收服到炎系神奇寶貝。
冰雪通路的迷宮變化，并且內(nèi)部結(jié)構(gòu)改為冰結(jié)構(gòu)。
燒焦塔全部重新設(shè)計(jì)。
神奇寶貝聯(lián)盟中渡的房間重新設(shè)計(jì)，現(xiàn)在玩家可以看見迷你龍的雕像。
雷公、水君和炎帝的戰(zhàn)斗擁有特殊的戰(zhàn)斗音樂。水晶版也是第一個(gè)與傳說中的神奇寶貝對(duì)戰(zhàn)會(huì)出現(xiàn)不同的戰(zhàn)斗音樂的版本。
龍穴做了細(xì)微的調(diào)整：龍圣祠開放，圣祠后院添加了四棵鐵頭功樹。
首次添加了神奇寶貝的登場(chǎng)動(dòng)畫，這個(gè)設(shè)計(jì)曾一度被廢除，直到綠寶石版才再度采用。
某些神奇寶貝的圖像重新設(shè)計(jì)，譬如黑魯加和雷公；狃拉、水君等在金銀兩版中共用同一圖像的神奇寶貝的圖像做了細(xì)微調(diào)整。然而大多數(shù)神奇寶貝仍舊沿用金銀版的圖像。
部份訓(xùn)練家的臺(tái)詞改變。
地點(diǎn)變化
狃拉出現(xiàn)在了冰雪通路。在金銀版中，白銀山之前是無(wú)法遇見它的。
鴨嘴火龍不再出現(xiàn)在燒焦塔，而是出現(xiàn)在白銀山。
部份訓(xùn)練家站立的位置做了調(diào)整。
關(guān)都地方的野生神奇寶貝分布稍許改動(dòng)。
游戲變化
玩家可以選擇女主人公，克麗絲作為自己的游戲角色。這是第一個(gè)可以選擇女主人公的版本。
水晶版出現(xiàn)了米那君，以捕獲水君為自己的目標(biāo)。
洛奇亞和鳳王均以等級(jí)60出現(xiàn)在游戲中。
鳳王不能被捕捉直到玩家捕獲了炎帝、水君、雷公。
增加雪拉比的GS球（道具）劇情，可以捕捉雪拉比。
阿魯夫遺跡變更，增加了未知圖騰的出現(xiàn)率。
部分神奇寶貝獲得新的升級(jí)技能。
在日文水晶版中，如果玩家將在滿金市的神奇寶貝中心獲得的蛋兌換券交給飼育屋老夫婦，他們會(huì)送給玩家不可思議的蛋，這顆蛋有可能孵化出皮丘、皮寶寶、寶寶丁、巴爾郎、迷唇娃、電擊怪或小鴨嘴龍，并且有50%的可能性孵化出異色神奇寶貝；在英文水晶版中，飼育屋老夫婦會(huì)直接送給玩家不可思議的蛋，這顆蛋有14%的可能性孵化出異色神奇寶貝。
黃金市也有了很大的變化,神奇寶貝中心變成了多功能精靈中心(PCC)(就是可以用手機(jī)上網(wǎng)交換精靈的地方）
* 本作是唯一一個(gè)以種族值580的傳說中的神奇寶貝作為封面的主系列游戲。
* 水君作為封面神奇寶貝的原因是因?yàn)樗谕婕胰巳褐蝎@得了極高的人氣。
* 本作是第一個(gè)出現(xiàn)女主角的神奇寶貝主系列游戲。
* 如果不算上作為紅綠版修正版本的藍(lán)版的話，本作是任天堂第一次嘗試制作神奇寶貝主系列游戲的資料片。
* 由于盜版漢化的BUG，GS球可以通過檜皮鎮(zhèn)精靈中心得到。導(dǎo)致直接捕捉雪拉比。
* 因?yàn)橐苿?dòng)適配器GB的存在，日文水晶版的很多設(shè)定與海外版完全不同，并且隨著移動(dòng)系統(tǒng)GB的關(guān)閉，很多內(nèi)容在之后的復(fù)刻版心金魂銀版中也沒有出現(xiàn)。
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